В ФГУ ЛИУ-2, - лечебно-исправительном учреждении п. Бира Облученского района, -  действует приход при храме во имя святой Великомученицы Анастасии Узорешительницы. П. Бира (на тунгусо-тюркском диалекте – большая вода) основан в 1894 г. на месте деревни, населенной китайскими подданными. В поселке существовала обширная деревянная церковь разъездного железнодорожного причта, используемая в 30-е годы под переселенческий пункт. Приход образован по инициативе сотрудников и заключенных колонии 10 октября 1997 г. 12 июня 1998 г. была совершена закладка храма во имя Великомученицы Анастасии Узорешительницы. Для окормления прихода назначен клирик кафедрального собора г. Биробиджана протоиерей Николай Николаев. Деревянный однокупольный храм строился руками самих осужденных. Это было непросто, ведь осужденные проходят в колонии лечение, а затем переводятся в обычные исправительно-трудовые колонии. Строительство деревянного храма завершено зимой 2008 г., закончена его внутренняя отделка и оформление, храм подготовлен к освящению.

3 июня 2008 г., в праздник Владимирской иконы Божией Матери, епископ Биробиджанский и Кульдурский Иосиф в сослужении секретаря Биробиджанской епархии игумена Иннокентия (Косарихина) и клирика кафедрального собора протоиерея Николая Николаева совершил великое освящение храма и первую Божественную Литургию. По ее окончании епископ Иосиф обратился к присутствующим с архипастырским словом, а потом беседовал с персоналом колонии и осужденными.

В исправительной колонии пос. Будукан Облученского района действует приход во имя святого праведного Симеона Богоприимца. Решение о строительстве храма в этом исправительном учреждении  приняло руководство УФСИН по ЕАО и администрация колонии. Заключенные выразили желание строить храм своими руками. 23 марта 2005 г. в присутствии начальника УФСИН по ЕАО полковника внутренней службы Б. Д. Королева на месте строительства храма епископ Иосиф совершил «чин, бываемый на основание храма и водружение креста» и освятил на месте строительства будущего храма крест. Деревянный пятикупольный храм выполнен с удивительной тщательностью и аккуратностью. Материалы и утварь для храма помогли приобретать благотворители, но все работы, вплоть до изготовления резного иконостаса, выполняли сами заключенные. 22 апреля 2010 г. епископ Биробиджанский и Кульдурский Иосиф в сослужении секретаря епархии архимандрита Иннокентия и клирика кафедрального собора диакона Георгия Кривоногова совершил великое освящение храма и первую Литургию в новоосвященном храме. После окончания богослужения владыка обратился к заключенным со словом пастырского назидания, и некоторым вручил Благословенные архиерейские грамоты, - ведь многие из тех, кто вложил за эти годы свой труд в дело созидания храма теперь уже освободились. В библиотеку колонии передана духовная литература.

С 2005 г. колонию окормляет иеромонах Софроний (Гневшев).

5 июня 2007 г. состоялась закладка храма во имя святой блаженной Ксении Петербургской в Биробиджанской колонии для несовершеннолетних заключенных. С инициативой строительства храма в этой колонии выступили начальник Управления Федеральной службы исполнения наказаний по ЕАО полковник внутренней службы Б. Д. Королев и администрация колонии. К месту, где будет находиться храм, собрались все отряды заключенных. Епископ Иосиф совершил «чин, бываемый на основание храма и водружение креста» и освятил установленный на месте строительства будущего храма крест. Затем Владыка обратился к малолетним заключенным с пастырским словом, в котором рассказал о жизни и подвиге блаженной Ксении, о ее благодатной помощи страждущим, о значении в жизни человека храма Божия. В 2011 г. выполнены работы по строительству фундамента храма. Воспитательная колония для несовершеннолетних в г. Биробиджане (сопка) окормляется  иеромонахом Иоанном (Каплуном). В этой работе активно участвуют монахини женского Свято-Иннокентьевского монастыря с. Раздольное.

Во всех колониях регулярно проводятся беседы и совершаются богослужения, за которыми желающие могут принять таинство Крещения,  исповедоваться и причаститься святых Христовых Таин.

3 августа 2006 г. состоялось подписание Соглашения о сотрудничестве между Биробиджанской епархией и Управлением федеральной службы исполнения наказаний по ЕАО