Строительство деревянного Никольского храма было начато в феврале 1997 г. Он стал первым, построенным в области  храмом после периода богоборчества. За основу проекта был взят деревянный храм во имя Державной иконы Божией Матери возле храма Христа Спасителя в Москве. Храм освящен 19 декабря 1999 г. До завершения строительства в Биробиджане Благовещенского кафедрального собора в сентябре 2005 г. храм являлся кафедральным собором Биробиджанский епархии.