В соборе постоянно выставлено три ковчега со святыми мощами, а остальные хранятся в алтаре храма.

Это частицы мощей святых: апостолов Андрея Первозванного и Варнавы; равноапостольной Марии Магдалины; великомученика и целителя Пантелеимона; мученика Иоанна Воина; святителей Игнатия Брянчанинова; Филарета и Иннокентия, митрополитов Московских; Феодосия исповедника, епископа Коломенского; Мелетия Рязанского; Иоанна Шанхайского; преподобных Евфимия Суздальского; Макария Калязинского; Арсения Коневского; Саввы Сторожевского; Иосифа Волоцкого; Ферапонта Можайского; Геннадия Любимоградского; Феодора Санаксарского; Варнавы Гефсиманского; преподобной Анны Кашинской; священномученика Романа (Медведя); преподобноисповедника Леонтия, архимандрита Михайловского; праведных воина Феодора (Ушакова) и Феодора Томского; блаженных Алексия Елнатского и Любови Рязанской; мучеников Виленских; мучеников Грузинских; двенадцати преподобных Оптинских старцев; препобномучеников Отцев в Лавре святого Саввы избиенных.