Окончив Кирсановское городское училище, Нил Михайло­вич с 1897 по 1921 год работал на железной дороге в должностях: конторщика товарной конторы, помощника товарного кассира, помощника билетного кассира, билетного кассира, телеграфис­та, заведующего хозяйственной частью Юбилейного поселка ра­бочих и служащих Московско-Казанской железной дороги.

В 1921 году Нил Михайлович подал прошение о рукоположе­нии и принятии его в клир города Москвы. Диаконом он служил в церкви Воскресения Христова в Сокольниках. Через две недели после рукоположения в диаконы, 22 октября 1921 года, отец Нил был поставлен во священника к храму святых бессребреников Кира и Иоанна при Сербском подворье в Москве.

17 февраля 1933 года протоиерей Нил был арестован и заклю­чен в Бутырскую тюрьму в Москве. Некий лжесвидетель, допро­шенный еще в июне 1932 года, рассказал следователю, что отец Нил «всегда говорит зажигательные проповеди... пользуется сре­ди верующих темных масс рабочих и бывших людей, торговцев большим авторитетом и не раз верующие его предупреждали, что он слишком открыто выступает против советской власти».

23 февраля, давая показания следователю, отец Нил сказал: «Я принял сан священника в то время, когда борьба с неверием приняла ожесточенные формы, когда начался усиленный отход верующих от Церкви, и я, видя такой отлив народа от Правосла­вия, решил ей посвятить свою жизнь и стать церковным деяте­лем... В своих проповедях, произносимых в церкви, я старался призывать верующих к соблюдению нравственных правил, все эти проповеди призывали к борьбе с неверием и безбожием... В предъявленном обвинении виновным себя не признаю».

Особое Совещание при Коллегии ОГПУ 22 марта 1933 года приговорило отца Нила к высылке в Северный край сроком на три года. Наказание он отбывал в городе Каргополе, работал на разгрузке леса с плотов, складывал его в штабеля, а также на пил­ке дров.

Вернувшись из ссылки в 1936 году, отец Нил был назначен служить в Богоявленскую церковь села Буйгород Волоколамско­го района Московской области.

В мае 1937 года отец Нил по приглашению священника Бори­са Недумова стал служить в Иоанно-Предтеченском храме села Ивановское на Ламе Лотошинского района.

Прокурор Лотошинского района уже в апреле 1937 года на­правил начальнику местного районного отделения НКВД два письма, в которых излагал контрреволюционные действия свя­щенников и предписывал произвести расследование.

В одном из них говорится, что «священник (кто именно, не называется) Афанасиевской церкви учеников вызывает к себе и заставляет их читать молитвы, за это он некоторым дает деньги. Так это было с десятилетним учеником... которому священник дал 50 копеек за то, что он рассказал ему молитву».

В другом письме излагались конкретные факты контрреволю­ционной деятельности священников Бориса Недумова и Нила Смирнова, «которые, находясь в селе всего полтора месяца, при­няли ряд мер к оживлению религиозной пропаганды. Оба свя­щенника имеют фисгармонию, баян и скрипку, при помощи которых они собирают вечеринки... на которых, помимо музы­кальных номеров, ставили вопрос о поднятии духа религии... Организовали хор, в котором... подобраны враждебные люди... Причем, по утверждению некоторых лиц, имеют своей задачей обслужить и колхозников, если они будут согласны на это... Ведут агитацию, содержание которой сводится к тому, что церковь 1 мая работать не будет и что они вместе со всеми колхозниками хотят выйти на демонстрацию... Производят сбор средств... и, по разговорам, сбор выражается по 50 копеек и 1 рублю. Всего со­брано, по условным данным, до 1000 рублей...»

В марте, устраивая дочь Екатерину в школу в селе Буйгород, отец Нил разговаривал с директором школы, указав ему в беседе, что его дочь верующая, ходит в церковь и носит крестик, поэтому всякая проводимая в школе антирелигиозная работа ее касаться не должна, а также не нужно заставлять ее вступать в пионерский отряд. После ареста в 1937 году отца Нила директор школы был привлечен в качестве свидетеля и, вспоминая об этом разговоре, показал следователю: «...Ношение открыто креста его дочерью имеет влияние на остальных учеников, в данном случае не мало учеников стало посещать церковь. Кроме того, в апреле у... подруги дочери священника Смирнова было найдено в классе Евангелие».

В августе 1937 года отец Нил ездил в Епархиальное Управле­ние с просьбой о назначении его в село Нижнее Васильевское Лотошинского района, но, еще до принятия решения, был 20 авгус­та арестован и заключен в Таганскую тюрьму в Москве.

— Следствие располагает материалами, что вы состоите чле­ном контрреволюционной группы и активно вели контрреволю­ционную работу. Предлагается вам дать правдивые и откровен­ные показания по этому вопросу.

— Это я не признаю и отрицаю.

— Вы даете ложные показания. Следствие имеет факт, что 26 июля 1937 года в проповеди верующим вы заявили: «На духо­венство наложили большие налоги, я прошу прихожан помочь духовенству деньгами». Этот факт признаете?

— Да, признаю...

— Во время пасхальной службы 1937 года вы обратились к ве­рующим и заявили, что по новому закону теперь Церковь госу­дарственной не является и советское правительство не имеет пра­ва к ней прикасаться. Признаете это?

— Да, это действительно было, и я так говорил.

— В мае месяце 1937 года вы распускали нелепый слух о том, что скоро будет жить лучше, так как вождь партии решил объя­вить себя президентом?

— Нет, этого я не говорил и этот факт отрицаю.

— Состоя членом контрреволюционной организации, вы вели агитацию о том, что полет на Северный полюс — дело темных сил и что тут Божией помощи нет, что все это приведет к гибели?

— Нет, этого я не признаю.

— Проживая на территории Лотошинского района, вы прово­дили контрреволюционную агитацию среди населения. Призна­ете вы это?

— Я в своей работе никаких контрреволюционных действий не вижу. Действительно, я очень часто выступаю среди верующих с амвона с проповедями... По вопросу привлечения молодежи в Церковь я говорил, как приятно видеть в церкви много детей. И я им обещал помощь Божию, и если вы ее будете принимать, то у вас жизнь будет цветущая. По вопросу антирелигиозной работы среди молодежи в школе я директору школы заявлял, чтобы они не насиловали людей антирелигиозной работой.

22 сентября протоиерей Нил Смирнов был в последний раз допрошен в Таганской тюрьме.

— Вы арестованы за антисоветскую деятельность. Признаете себя в этом виновным?

— Нет, не признаю.

На этом допросы были закончены.

9 октября 1937 года тройка НКВД приговорила отца Нила к десяти годам заключения в лагере.

Протоиерей Нил Смирнов был отправлен в Бамлаг Амурской области на станцию Известковая, где и скончался 2 октября 1938 года и был погребен в безвестной могиле.